Die Geheimdaten zählen zu den Forschungsdaten in Pikmin 3 mit dem Unterschied, dass
Eine Geheimdatei
sie keine Tipps oder Informationen geben. Die Datei beinhaltet jediglich eine Ziffer von 0-9 an der Pikmin dran hängen.
Sie sind meistens schwer zu finden oder schwer zu erreichen. Man kann insgesammt zehn Stück davon im Abenteuer-Modus verstreut finden, welche sich als Code zusammen setzen. Mitden Codes lassen sich Geheimvideos freischalten, die von Olimar stammen. Es gibt fünf verschiede Videos.
Je zwei Geheimdaten sind in jedem Areal versteckt. Sie sind immer am selben Platz zu finden, die Ziffer an sich ist jedoch unterschiedlich, je nachdem welchen der fünf Codes man mit dem Spielstand erwicht hat.
Es gibt noch ein 6. Video mit Louie, das mit keinem Geheimcode freischaltbar war und nicht von Nintendo offiziell freigegeben wurde. Es wurde herausgefunden als man die Nintendo-Website analysierte
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